Alar Karis on sündinud 26. märtsil 1958 Tartus.
Ta lõpetas 1981. aastal Eesti Põllumajandusakadeemia (Eesti Maaülikool). 1987. aastast omab ta teaduste kandidaadi kraadi.
Alar Karis on töötanud mitmes teadusasutuses Saksamaal, Ühendkuningriigis ja Hollandis. 1999. aastal valiti ta Tartu Ülikooli professoriks. Alar Karise teadustööd olid tema aktiivsel teadlasena tegutsemise perioodil Eesti teadlastest rahvusvaheliselt tsiteeritumate hulgas.
Alar Karis oli Tartu Ülikoolist võrsunud äriühingu Visgenyx kaasasutaja, mille tegevusala oli teadus- ja arendustegevus biotehnoloogia vallas.
Alar Karis valiti 2007. aastal Tartu Ülikooli rektoriks. Ta on olnud ka Eesti Maaülikooli rektor, Eesti Vabariigi riigikontrolör ning Euroopa keskkonnaaudiitorite töörühma juht. Ta on ka korduvalt juhtinud Eesti ülikoolide juhte koondavat Rektorite Nõukogu.
Enne presidendiks valimist töötas Alar Karis Eesti Rahva Muuseumi direktorina.
Alar Karis on olnud Vabariigi Presidendi akadeemilise nõukogu ja Vabariigi Presidendi mõttekoja liige, Teadus- ja Arendusnõukogu liige, Eestimaa Looduse Fondi nõukogu liige, Euroopa Ülikoolide Assotsiatsiooni nõukogu liige, Eesti Arengufondi nõukogu esimees, Ettevõtluse Arendamise Sihtasustuse ettevõtlus- ja elukeskkonna arendusdivisjoni nõukoja liige, arhiivinõukogu ja muuseuminõukogu ning Tartu Ülikooli muuseumide ja Kirjandusmuuseumi nõukogu liige ja Eesti Maaülikooli nõukogu esimees 2020-2021.
Aastatel 2010-2021 oli Alar Karis Tšiili Vabariigi aukonsul Eestis.
Alar Karist on autasustatud Valgetähe IV klassi teenetemärgiga. Tal on ka Belgia Kuningriigi Leopoldi ordeni komandöririst, Rootsi Kuningriigi Põhjatähe komandöririst, Soome Lõvi Rüütelkonna komandöririst, Läti Tunnustusristi III klassi teenetemärk ja Riigivapi teenetemärgi kett ning Rootsi Kuninglik Seeravite orden.
Alar Karis on abielus Sirje Karisega. Peres on üles kasvanud kolm last.